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Igual que pasa con los combustibles fósiles los biocarburantes también tienen sus pros y sus contras. Está claro que el hecho de ser una energía más limpia que la procedente del petróleo o el gas juega a su favor, pero también hay que tener en cuenta los hándicaps que presenta en cuanto a producción, cultivos o emisiones. Incluso dentro de los diferentes tipos de biocombustible encontramos grandes diferencias que nos permiten hablar de ventajas y desventajas de cada generación de biocombustibles.
Sin lugar a dudas, la principal ventaja de los biocombustibles es que se trata de una alternativa a los combustibles fósiles convencionales que tan dañinos son para el medio ambiente debido a los altos niveles de emisiones. En este sentido conviene resaltar que los biocombustibles son una fuente de energía renovable, que puede reemplazarse fácilmente año tras año, mientras que el petróleo o el gas natural es son unos combustibles fósiles que tardan miles de años en producirse, por lo que llegará el día en que se acaben.
Durante los procesos productivos de los biocombustibles se reducen las emisiones de carbono y de azufre. En casos como el de los biocombustibles de tercera generación -procedentes de algas- las emisiones de carbono son neutrales y si trabajamos en instalaciones de círculo cerrado podemos reutilizar el CO2 producido como fertilizante. Los procesos de producción son más eficientes, ya que tanto el consumo como la contaminación son sensiblemente inferiores a los de los combustibles fósiles.
Los biocombustibles también pueden favorecer el empleo local y el desarrollo económico rural en aquellos lugares donde los cultivos se dediquen a las materias primas necesarias para generar estos carburantes. También ofrecen una oportunidad de reaprovechar la basura generada o explotar terrenos marginales para la producción de biocombustibles de segunda generación que, además, nos ofrecen una salida muy interesante para los residuos generados en la propia producción agrícola destinada al consumo humano. Se pueden cultivar en todo el mundo.
A pesar de todas estas ventajas, la producción de biocombustibles también tiene sus desventajas. La más evidente son sus efectos en el mercado mundial de la alimentación, ya que la destinación de áreas cultivables a la producción de materias primas para generar biocarburantes tiene un doble efecto negativo: se reduce la producción mundial de alimentos, lo que puede acentuar el problema del hambre en el tercer mundo, y al reducirse la oferta manteniéndose la demanda el precio de los alimentos puede subir, dificultando el acceso a los ciudadanos más vulnerables.
Una producción descontrolada de materias primas para biocombustibles puede tener graves efectos más allá de la escalada del precio de los alimentos. Por ejemplo, en el caso de los biocombustibles de primera generación, la explotación del suelo puede acabar afectándolo gravemente, hasta llegar al punto de agotarlo y reducir la biodiversidad, deforestando bosques y selvas para la introducción de los cultivos intensivos. Otro aspecto a destacar es la gran cantidad de agua y fertilizantes que se suele utilizar en el cultivo de estos biocombustibles de primera generación.
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Cierto que los biocombustibles de segunda o tercera generación no tienen esta necesidad, pero no se puede pasar por alto que estas dos generaciones exigen un importante proceso tecnológico para la producción del biocombustible de forma que sus costes se disparan, llegando incluso a ser más caro que el combustible fósil. Por último, hay que destacar que para ser una alternativa real a los fósiles, que permita eliminar su uso, implica que se tenga que destinar el 100% del suelo cultivable a la producción de biocombustible, algo incompatible con la producción para la alimentación.